Después de cinco temporadas, en la 1990/91, el grupo del equipo senior está amortizado y, aunque el relevo generacional proveniente de la escuela es de calidad – Terol, Tribaldos, Portu, Juan Alias, etc – es insuficiente, por lo que la Directiva del Club, decide aceptar a propuesta del CAU Valencia la fusión entre ambos clubes.
El Alzira aportaría el campo de juego y sus jugadores disponibles, el CAU mayor capital humano con calidad suficiente, la suma permitiría aspirar al ascenso a categoría nacional.
El nuevo Club CAU Alzira nacido de la fusión, tendría equipos en todas las categorías inferiores y dos equipos seniors, cuyo primer equipo militaría en la 1ª Regional valenciana.
El equipo, entrenado por Toni Gimeno, hizo una temporada exitosa, quedando campeones de la 1ª Regional y jugando la fase de ascenso a 1ª Nacional. Desafortunadamente, se perdió en la final ante el INEF de Lleida (20-51) y no se pudo ascender. Como consecuencia, el entrenador presentó la dimisión.
Ese mismo año, los jóvenes de la cantera alzireña continuaban dando alegrías. Ricardo Tribaldos era titular de la Selección Española juvenil y jugó el mundial de Toulouse (Francia). Juan Alias marchó con la Selección Española cadete de gira por Inglaterra. Además, llegaron al club una buena hornada de chicos que tiempo después y por muchos años, tendrán un papel relevante en el RC Alzira, Nacho Bertomeu, Vicente Camarena, Casimiro Mascarell, Pascual, …..
La temporada 1991/92, segunda de la fusión, se afronta con muy buenas bases, convirtiéndose el CAU Alzira en el segundo club de España en número de fichas federativas, sólo por detrás de la mítica UD Santboiana.
Tras la dimisión al final de la campaña anterior de Toni Gimeno como entrenador del primer equipo, Tomás Pardo ayudado por José Cuesta, se hace cargo del mismo, que una vez más logra clasificarse para la fase de ascenso, quedando subcampeón autonómico, sólo superado por Les Abelles.
Tras una excelente fase de ascenso en la que solo se perdió ante el Hospitalet (12-18) y se ganaron el resto de encuentros, incluso a Les Abelles (12-3) al que se vencía por primera vez, finalmente, quedamos empatados a puntos con el Hospitalet que, ascendió por tener el gol average a su favor.
Tampoco pudo ser en esta ocasión pero, quedaba claro que el equipo había evolucionado deportivamente y estaba preparado para alcanzar cotas más altas. Al mismo tiempo, también el resto de equipos del Club, realizaron una buena campaña. Pero, lamentablemente no todo fue positivo, algunos jugadores de la “vieja guardia alzireña”, fueron abandonando el Club, algunos desencantados con la “fusión”, seguramente porque se consideraban faltos de oportunidades, otros por otras circunstancias, lo cierto es que en el primer equipo tan solo quedaron Jordi Cortés y los jóvenes José María Terol y Ricardo Tribaldos. En el segundo equipo apenas quedaron cinco de una veintena.
En la temporada 1992/93, la 1ª Regional se divide por primera vez en dos grupos y el CAU Alzira termina la temporada líder del suyo, ganando el derecho a jugar los playoffs de ascenso, a los que llegan también Les Abelles, Elche y el Politécnico. En esta fase se lesionó de gravedad Toni Gimeno en un partido de máxima rivalidad ante Les Abelles jugado en el campo de Tulell de Alzira, y el capitán Alberto Sosias, aún juvenil, tuvo que llevar la manija del equipo en la siguiente fase de eliminatorias con equipos catalanes y vascos.
Esta vez, el equipo no falló y eliminó a Bonanova de Barcelona, Hospitalet, Gaztedi, Guernika y Munguía en la final, logrando por fin el tan deseado ascenso a la 1ª División Nacional, la actual División de Honor B.
Esta es aquella plantilla que ascendió a la 1ª División
Esa misma temporada, un chaval de la cantera, el alzireño Juan Alias, era titular con la Selección Española juvenil en el mundial de Lille (Francia).
Al fin en la 1ª Nacional configurada en un único grupo, en la temporada 1993/94 el CAU Alzira es el equipo revelación, consiguiendo ser segundos durante siete jornadas consecutivas, logrando ganar al gran Canoe en Madrid (16-17). Aunque, a mitad de temporada el equipo fue perdiendo fuelle quedando finalmente octavos en un grupo en el que figuraban equipos tan ilustres como Canoe, Montjuic, Ordizia, etc.
Llegados a la quinta temporada de fusión CAU Alzira, la 1994/95, Toni Gimeno toma el relevo en el banquillo a Tomás Pardo a petición de este. Las cosas no salen bien y los partidos se cuentan por derrotas. En enero, Gimeno pide a Pardo que tome de nuevo las riendas del equipo para ver si sirve de revulsivo pero, la reacción no llega y en un partido decisivo en La Partideta de Cullera, se pierde y el equipo se ve abocado al descenso.
Esta crisis de juego, fue el desencadenante de la ruptura de esta fusión con el CAU. Hubo una asamblea en la que, por mayoría, se decidió la ruptura de esta fusión después de cinco años. Automáticamente Enrique Máñez, presidente desde su fundación del RC Alzira y vicepresidente del CAU Alzira, presentó su dimisión, poniendo fin a su compromiso con el Club que fundó doce años antes y donde dejó un recuerdo imborrableTomás Pardo también dimitió de sus cargos, dando paso a una nueva directiva que emprendiera un nuevo proyecto, ahora puramente alzireño.