Con la temporada 1995/96, empieza el nuevo ciclo con una directiva encabezada por Esteban Fuentes y Mario Botella padre, como tesorero. Jordi Cortés Coronas recompone los equipos senior y cadete del Alzira. El equipo, que cuenta con veinticinco jugadores, todos alzireños y algunos tan cualificados como José María terol, Juan Alias, Jordi Cortés o Gonzalo Daries que ya han jugado en categoría nacional, vuelve a la 2ª Regional y es entrenado por el propio Cortés.
El equipo realiza una campaña irregular pero, aún así, casi logra el ascenso. No obstante se logró el objetivo de recuperar a los jugadores alzireños desperdigados y consolidar de nuevo al equipo senior.
Como nota anecdótica negativa, en este año la política municipal nos aboca a compartir nuestro terreno de juego, el campo de Tulell, con varios equipos de fútbol. La masificación llega a tal extremo que el campo se desertifica, en ocasiones nos vemos privados del vestuario e incluso, en la temporada 97/98 del propio campo en un partido de liga. Esta situación perdurará hasta que desaparezca el campo diez años más tarde.
En la temporada 1996/97, José Orts Calabuig, substituye a Esteban Fuentes en la presidencia del Club y Jordi Cortés continúa de entrenador del equipo senior que esta temporada quedó segundo en la liga y jugó la liguilla de ascenso, donde ganó todos los partidos hasta llegar a la final, que perdió ante el Politécnico 34 a 0 quedándose a las puertas del ascenso a 1ª.
Acabada la competición, nuestros jugadores José María Terol y Gonzalo Daries, fueron cedidos al RC Valencia para jugar en División de Honor.
En la escuela, destaca la participación del juvenil Dani Vento con la selección Valenciana y, por otra parte, el equipo infantil en el que destacaba Borja Orts, ganó la Copa de Plata al vencer al RC Valencia 31 a 0.
La 1997/98, se afronta deportivamente con las bajas definitivas de José María Terol y Gonzalo Daries que habían sido cedidos al Valencia y toman la decisión de quedarse en el club de la capital, debilitando con su ausencia la plantilla y eso se traduce en malos resultados, terminando penúltimos en la clasificación. También en el equipo cadete se pasan penurias y, al no tener jugadores suficientes, se une con el de Cullera para poder formar equipo. De esta unión temporal, surgen jugadores tan importantes como David Ferrer, Sergi, Borja Orts, Francesc, Oscar, etc
Llega la temporada 1998/99 y Tomás Pardo vuelve a hacerse cargo de la dirección técnica del Club y a entrenar al equipo senior, al que sube desde la cantera el ex internacional el juvenil Ricardo Tribaldos. Se gana la liga por delante de un equipo tan potente como el Abelles B, al que ganamos aquí en el campo de Tulell 69 a 15. Más brillante si cabe fue la promoción de ascenso contra la Universidad de Alicante a la que vencimos en el partido de ida en nuestro campo nada menos que 78 a 5 en un partido memorable. Era el 25 de abril de 1999 y la alineación de aquel día fue: 1 Alberto Botella, 2 Ricardo Tribaldos, 3 Mario Botella, 4 Sergio Sánchez, 5 Salva Llorens, 6 Antonio Peris, 7 Toni Palacios, 8 Nacho Bertomeu, 9 Casimiro, 10 Dani Vento, 11 Dani Durá, 12 Juan Alias, 13 Miguel Durá, 14 Catalán, 15 Benjamín Ripoll. También entraron Lairón y Castillo.
En el partido de vuelta se certificó el ascenso a 1ª Regional con un marcador más discreto.
De vuelta a la 1ª Regional, la campaña 1999/00 fue después de la euforia por el ascenso, decepcionante por las circunstancias que se dieron. Si bien contamos con la vuelta de José María Terol y Gonzalo Daries del Valencia, estos apenas participaron en esta liga, Terol sufrió una lesión de pubis que le inhabilitó para el resto de temporada y Daries, se marchó a Escocia. Tribaldos también se desvaneció, Ripoll que tan buenas temporadas venía haciendo como zaguero, también se lesionó para toda la temporada y Miguel Durá “Turbo” colgó las botas. Sin la calidad de estos cinco, y una plantilla corta, la liga se hizo interminable y acabamos últimos del grupo.
La escuela, seguía con su unión con la de Cullera con el fin de conseguir mejor nivel tanto en infantiles como en cadetes.
